In 1993 werd geconstateerd dat er achteruitgang was van de flora en fauna van het landgoed Fraeylemaborg in Slochteren. Het landgoed besloot maatregelen te nemen. Het maaibeheer werd aangepast en er werd gezorgd voor meer dood hout. Dat bleken goede ingrepen waarvan vooral de stinsplanten en vleermuizen profiteren.
In 2004 zijn de planten en dieren geïnventariseerd en er is vooruitgang ten opzichte van 1993.
Holwortel, Maarts viooltje, Kievitsbloem en Lenteklokje die haast waren verdwenen zijn weer volop aanwezig. Verder is de Gele anemoon aan een opmars over het landgoed begonnen.

Verdwenen is de Kale vrouwenmantel, waarschijnlijk is ze het slachtoffer geworden van een opschoning van de sloot. ‘Dat is geen ramp, die komt vast wel terug’, zegt beheerder Gerard de Haan. ‘Want aan de biotoop is niets veranderd’.
De in holen broedende vogels maken volop gebruik van het landgoed. Zij zijn zo talrijk omdat er veel oude dode bomen op het landgoed staan. Daarin huizen, Grote bonte specht, Holenduif, Gekraagde roodstaart, Bonte vliegenvanger, Koolmees, Boomklever en Boomkruiper.

Van de holle bomen maken ook de Rosse vleermuizen gebruik, van hen is er een kolonie op het landgoed. Verder wonen de watervleermuis, de Gewone grootoorvleermuis, de zeldzame Baardvleermuis, de Ruige dwergvleermuis en de Laatvlieger op het landgoed. Meervleermuizen zijn gezien in de Slochterhaven en boven het Slochterdiep en zullen, zo zegt de opsteller van het rapport de Stichting tot Behoud van Particuliere Historische Buitenplaatsen (Stichting PHB), ook voorkomen op het borgterrein.
Bezien op provinciaal niveau is de vleermuizenstand op het landgoed Fraeylemaborg belangrijk.
De vleermuizen zijn zo talrijk en het aantal soorten zo divers dat de Stichting PHB adviseert de Fraeylemaborg aan te merken als Beschermde leefomgeving voor vleermuizen. Het bestuur van het landgoed onderzoekt of zo’n aanmerking tot de mogelijkheden behoort.

Het onderzoek naar de Natuurwaarden van het landgoed Fraeylemaborg werd mede mogelijk gemaakt dankzij een bijdrage van het VSB-Fonds.